东山合战

拥戴细川氏纲进入京都以后，三好长庆并未在此地久留，而是返回了自己的领地摄津国经营。

天文十九年（1550年）二月，为了夺回京都，足利义晴开始在东山银阁寺附近修筑起一座中尾城。东山在日本中世纪指比叡山至大文字山如意岳的西麓地域，此地是近江国与山城国的国境，由于战国时代幕府将军、管领经常丢弃京都逃跑至近江国，因此东山一带也在这个时期修筑起了大量的山城。中尾城是连接京都与坂本的道路“山中越”的入口，进可攻退可守，是个十分重要的战略要地。

值得注意的是，自天文十二年（1543年）日本引进欧洲的火绳枪以后，这个在日本被称为“铁炮”的新式武器于天文十六年（1547年）左右传入京畿，引起了大名们的广泛关注。为了防御铁炮的攻击，足利义晴在修筑中尾城时下令修筑起空心的城墙，再在两面墙体之间灌入碎石。

三月七日，足利义晴穴太着阵，然而因为去年患上了名为“水肿”的疾病，大御所的身体已经不太行了。五月四日，足利义晴病逝，享年四十岁，足利义藤正式以幕府将军的名义开始独自施政。另外一方面，管领细川晴元也在近江国筹备着反攻。七月八日，细川晴元率领马廻众出阵，于吉田山着阵，细川晴元的援军六角军则进军至北白川，在附近的胜军山城着阵。

三好长庆自然不会放任细川晴元胡作非为，得知细川军出阵以后，三好长庆亲自率军来到大山崎布阵，命弟弟十河一存以及三好长逸、三好长虎父子等率军一万八千人进入京都。在三好军的前锋随后与细川军前锋的一百余足轻展开小规模的前哨战，铁炮也在这一战中第一次出现在畿内的史料中。

由于京都的市民们不再支持足利义藤、细川晴元一方，导致三好军在京都的战线占据了优势，因而在前哨战以后细川晴元丝毫不敢轻举妄动。八月三日，在细川晴元的一再请求下，越前国的朝仓家向京都方面派出了援军。

十月二十日，为了击退入侵的细川晴元，三好长庆派遣十河一存率军攻打中尾城。然而，足利义藤在二十二日派遣军势出城迎战，一度击败了三好军，十河一存、三好长逸等人不得不退兵至贺茂川休整。

为了一举击溃细川晴元，三好长庆在十一月十九日调集四万大军上洛，于东山周边的圣护院、冈崎、吉田、北白川、鹿谷等地纵火。随后，三好长庆命松永久秀的弟弟松永长赖率军侵入近江国，六角家则派出军势前往山科阻拦。不过在六角军与松永军交战之际，另外一支三好军却趁着这个机会绕过中尾城自山中越进入了近江国。三好军的动向极大地动摇了足利义藤笼城的决心，足利义藤于十一月二十一日下令放弃中尾城，退往近江国的坚田，三好军则在两天之后进入中尾城，将这座城拆除。

天文二十年（1551年）正月七日，细川氏纲、三好长庆开始封赏近江国中背离细川晴元、六角定赖的武士。三十日，政所执事伊势贞孝等将军近臣也舍弃足利义藤重返京都，细川晴元一方陆续开始出现叛将。

二月七日，松永长赖率军自宇治川北部的炭山侵入近江国，在大津的濑田山击败了当地豪族山冈氏。十日，松永军抵达下鸟羽，与游佐长教派出的安见宗房合流，受此影响，足利义藤不得不离开坚田，继续朝着更北的朽木谷逃亡。二十二日，细川晴元与六角定赖率军渡过琵琶湖前往坂本着阵。六角军于二十七日在鹿谷与三好长虎展开激战，三好军在同日于近江国大津纵火，虽然背后遇袭，六角军依旧没有溃败，在次日于山城国山科纵火还击。

三好长庆遇刺事件

六角定赖时期的六角家非常强大，三好军虽然侵入了近江国，但是只能在此地与六角家对峙，无法取得更大的战果。三月四日，三好长庆率领一千余本队士兵返回京都，政所执事伊势贞孝则在宅里大摆宴席，邀请三好长庆赴宴，庆祝出征的胜利。

在朽木蛰伏的足利义藤十分怨恨三好长庆，可是他手上的兵力又不足以夺回京都，于是他想了一个办法，一个他爷爷足利义澄曾经用过的办法。

三月七日，三好长庆为了回礼，在京都的吉祥院召开宴会，招待伊势贞孝等人。就在这天晚上，吉祥院的小童将忍者引入了院中，想要纵火烧死三好长庆，最终被三好家的侍卫发觉，二人随即被逮捕。次日上午，三好家家臣又在吉祥院附近抓到了一名同党，经过审讯之后三人供出了六十几个涉及此案的人员，三位主犯也被三好家家臣斩杀。

三月十四日，三好长庆再度前往伊势贞孝的家中欣赏猿乐，席间三好长庆遭到正月末投诚的幕府将军奉公众进士贤光的突然袭击。进士贤光朝着三好长庆砍了三刀，其中一刀被长庆躲过，剩下两刀则砍在了长庆的身上。三好长庆负伤以后立即在家臣的簇拥下离开了京都，进士贤光也当场自尽而死。

三月十五日，负伤的三好长庆生死不明，京都里流传出三好长庆若不治而亡的话，在京的伊势贞孝以及将军的奉公众都将被三好家杀死。同日，细川晴元派出香西元成、三好政胜等人侵入东山，于次日被三好长虎以两万大军击退。

从细川晴元的动向来看，此次刺杀三好长庆必定是足利义藤与细川晴元合谋所为，幸而三好长庆只受了轻伤，并无大恙。然而到了五月五日，三好长庆的岳父游佐长教却被时宗的僧人珠阿弥刺杀，为了防止游佐家出现内乱，三好长庆以女婿的身份介入游佐家的家事，让游佐长教的重臣安见宗房与另外一个重臣萱振氏结亲。次年，安见宗房在游佐家内肃清了敌对势力，统合了游佐家，畠山家的家督畠山政国也将家督之位让予儿子畠山高政。

除了游佐长教以外，三好长庆的连襟、大和国国人筒井顺昭也在这段时间内去世，随着三好长庆在京畿的盟友减少，他必须开始以一己之力对抗足利义藤与细川晴元了。

游佐长教死后一个月，三好长庆召开了被称为“天文三好千句”的连歌会，邀请了当时连歌界第一任谷宗养以及堺的豪商辻玄哉出席。三好长庆花费重金召开歌会，一方面是为了追悼游佐长教，另外一方面也是向外宣示三好家的财力以及与足利义藤、细川晴元对决的决心。

七月十四日，三好政胜、香西元成等人率领丹波国国人三千余侵入京都等持寺，随后松永久秀、长赖兄弟聚集了四万大军于相国寺击退了细川军。不过，由于两军的交战过于激烈，导致相国寺内的许多佛塔与庙宇都被乱军烧毁。

天文二十一年（1552年）正月二日，近江国霸主六角定赖去世，其子六角义贤继位之后，不愿意再与三好家敌对，便开始斡旋足利义藤与三好长庆的关系。最终，足利义藤以认可细川氏纲继承细川京兆家的家督为条件与三好家达成和解。

正月二十三日，足利义藤离开朽木，于二十八日抵达近江国与山城国国境的逢坂，三好家的家臣松永久秀、三好长逸在此地恭候已久，随后便簇拥将军返回了京都。除此以外，细川晴元的儿子聪明丸也在三好长庆嫡子千熊丸的拥戴下返回了京都，进入了相国寺之中。而细川晴元则被废掉细川京兆家家督之位，出家入道，法号“永川”，前往若狭国隐居。

另外，足利义藤将三好长庆晋升为自己的奉公众，赐予其御供众的地位，让三好家从一介陪臣荣升为幕府将军的直臣。朝廷方面后奈良天皇则给三好长庆下赐了宸笔以及《古今和歌集》一书，认可了三好长庆的地位，三好长庆也向朝廷进献了一百贯铜钱作为回礼。

国人们的反叛

天文二十一年（1552年）四月二十五日，晴元方的丹波国人波多野元秀因为反对和睦举兵，三好长庆随即派出五千军势攻向波多野家的八上城。然而，就在三好军出阵以后，三好长庆相继又收到了摄津国人池田氏、芥川氏举兵的消息。

在这次举兵与三好家敌对的国人之中，大多数人虽然在三好长庆与细川晴元、三好政长敌对时站在了三好长庆的一方，但是这不代表他们反对细川晴元出任细川京兆家的家督。例如芥川氏当年为了支持细川澄元，迎接了三好之长的儿子三好长则入嗣，如今的家督芥川孙十郎按辈分乃是三好长庆的叔叔辈。池田家更不用说了，池田长正的母亲就是细川晴元侧近三好政长的女儿，铁杆的晴元派。

五月二十三日，摄津国人离反的消息传至三好长庆处，他当即下令三好军全军撤回越水城。不过，国人们的离反在三好长庆的调略下逐一被化解，芥川氏、池田氏在三好家的军事压力下不敢动弹。为了防止国人们拥戴晴元之子聪明丸为主叛乱，三好长庆将聪明丸从京都接到了居城越水城之中。

十月二日，三好长庆率军上洛，于西冈至洛西一带纵火。二十五日，三好长庆与伊势贞孝一同召集了军势，自京都出阵丹波国，前往支援细川氏纲方的守护代内藤国贞。可是，三好军进入丹波国以后，细川晴元却突然在背后举兵，率军侵入京都船冈山，三好长庆不得不退兵至摄津国。

与此同时，为了抵抗细川晴元的入侵，足利义藤也率军进入了灵山城防御，随着河内国的安见宗房、摄津国的三好长庆相继于十一月三十日、十二月一日率军抵达京都，无力抵御三好军的细川晴元只得率军退往丹波国。细川晴元撤走以后，孤军奋战的芥川孙十郎开城降服，畿内的局势再度回归平静。

十二月二十五日，三好长庆的嫡子三好义兴元服，本愿寺证如给三好家送来了贺礼。然而，就在三好义兴元服的一个月后，三好长庆与足利义藤的关系再次降入冰点。

天文二十二年（1553年）闰正月一日，三好长庆与奉公众、公家们一同前往足利义藤的御所里拜贺，然而此时却流传出足利义藤想要趁机杀死三好长庆的谣言，三好长庆立即返回了家中，于八日离开京都进入淀城。

闰正月十五日，足利义藤与三好长庆达成和解，双方均表示误会一场，三好长庆于次日派遣一千五百人的军势，以护卫将军为名包围了将军御所，他自己则率领本阵于东寺着阵。身在丹波国的细川晴元发觉了京都的异变，于二十日派出军队侵入京都，三好长庆随即派出军队抵御，于二十六日击败了细川军，讨取了数名大将，并缴获了三、四面细川军的旌旗。

足利义藤是室町幕府中非常特殊的一位将军，他的元服礼并不在京都举行，元服之际的加冠也不是管领细川晴元负责，而是管领代六角定赖代为加冠。足利义藤的经历让他成为一个习惯打破常规的将军，同时长年的战争环境也造就了他比较偏执的性格。此时在幕府将军的直臣之中，以伊势贞孝、细川藤贤为代表的家臣们大多数都支持接受六角义贤的调解，与三好长庆结盟，可是足利义藤却与三好长庆面和心不和，反而非常亲近反三好派的侧近上野信孝等人。

二月二十六日，三好长庆与亲三好派的直臣们进入清水寺与足利义藤会面，要求反三好派的上野信孝等人向三好家交纳人质。三好长庆的做法引发了足利义藤的不满，三月八日，足利义藤率领直臣进入灵山城笼城，和谈仅维持了一年，幕府将军再度对三好家做出敌对的姿态。

流放将军

天文二十二年（1553年）三月，三好长庆叙任从四位下的位阶，其官位与足利义藤、细川晴元、细川氏纲并列。

六月十七日，阿波国守护细川持隆在见性寺被三好长庆的弟弟十河一存、三好实休杀死，随后名东郡豪族久米义广、野田内藏助、佐野平明、小仓重信、仁木高将等人举兵为主报仇，也被三好实休给镇压。

细川持隆一直以来都是三好长庆的支持者，此次突然被杀，不由得让人觉得有些疑惑。根据各种军记物的记载，细川持隆之所以被杀死主要有如下三种原因：其一，细川持隆想拥戴足利义维上洛，但是三好实休反对此事。其二，阿波细川家的实权落入三好实休的手中，细川持隆对此感到不满，想讨伐三好实休，最终被三好实休发觉，抢先一步杀死主君。其三，细川持隆与细川晴元秘密结成同盟，想除掉三好实休，被三好实休发觉先行动手。

不过，若从当时的情况来看，细川持隆之死的真正原因恐怕还是和细川京兆家的家督继承有关。在三好家发家初期，细川持隆一直都是三好家的支持者，甚至不惜得罪细川晴元也站在三好家的一方。然而，对于细川持隆来说，无论他如何支持三好家对抗细川晴元及其侧近，也只是细川家内部的矛盾。可是，三好长庆从细川晴元处独立以后，拥戴细川氏纲为新任细川京兆家家督，这自然触及到了阿波细川家的利益，毕竟再怎么说细川晴元也是阿波细川家出身，细川持隆没理由放弃这个血缘相近的亲戚反而去支持细川氏纲。

细川持隆死后，阿波细川家走向了没落，阿波国的国人开始直接向三好实休效忠，阿波三好家取代守护成为了阿波国的实际主人。

七月三日，三好长庆发兵攻打再次反叛的芥川孙十郎。十四日，细川晴元派兵抵达长坂、船冈山等地，与游佐氏家臣安见宗房交战。二十四日，细川军迎来了将军的直臣上野信孝等人，随后足利义藤赦免了细川晴元之罪，接受了香西元成、三好政胜、内藤彦七等细川家家臣的觐见。三十日，足利义藤亲自率军出阵，攻打三好家在京都的西院城。

为了讨伐细川晴元与足利义藤，八月一日，三好长庆率领河内、和泉、大和、纪伊、摄津等地的军势共两万五千人上洛。足利义藤亲自率军在船冈山布阵，然而没多久背后的灵山城就被三好军攻陷，足利义藤、细川晴元只得在后路被断以前撤军。

八月三日，足利义藤、细川晴元来到丹波国山国庄，两天之后又下向近江国。为了削弱足利义藤的力量，进入京都的三好长庆立即下令，将会没收追随足利义藤的公家、武家领地，导致许多人在前往近江国的路上偷偷背叛了足利义藤，返回了京都。

八月二十一日，在芥川山城笼城的芥川孙十郎弹尽粮绝，开城投降，随后被送往阿波国拘禁。三好长庆于二十五日率军进入芥川山城，将细川晴元在摄津国的据点作为自己的居城，同时还命人将嫡子三好义兴、晴元之子聪明丸从越水城接至芥川山城。

此时的足利义藤只能四处流浪，他于八月三十日再度前往奉公众的领地朽木谷躲藏。三好长庆虽然有能力继续派兵追击足利义藤、细川晴元，但是毕竟一个是天下武士之主，一个是自己昔日的主君，三好长庆作为中世纪的武士仍然不敢对自己的上位下死手，只能将其驱逐了事。不仅仅是三好长庆如此，例如曾经的细川高国、往后的织田信长，他们在面对自己的主君之时，所做的“下克上”极限也只是流放而已。

松永长赖与内藤氏

天文二十二年（1553年）八月，摄津国人盐川国满举兵加入细川晴元一方，随后丹波国的波多野秀亲也举兵加入了晴元一方。波多野秀亲原本一直在三好家与细川家之间摇摆不定，最终被细川晴元与波多野氏家督波多野元秀以加增领地为条件收买。

九月三日，松永久秀、松永长赖兄弟奉命攻打丹波国，与守护代内藤国贞一齐包围了波多野秀亲防守的数掛山城。然而，就在三好军攻城之际，九月十八日，香西元成、三好政胜率领细川军突然攻击了三好军的后方，猝不及防的三好军瞬间溃败，内藤国贞也战死沙场。

内藤国贞战死以后，松永长赖立即率军进驻内藤氏的主城八木城，击退了三好政胜的进攻。内藤国贞生前曾与女婿松永长赖立约，若自己死后无嗣，将由松永长赖继承家督，可是内藤氏一族以及家老们却不认可此事，不愿让没有内藤氏血统的松永长赖继位。最终，在细川氏纲（实为遵照三好长庆之意）的调解下，内藤氏家督由松永长赖与内藤国贞之女生下的儿子千胜（即内藤贞胜，一说千胜为内藤国贞遗子）继承，松永长赖则作为千胜的后见人暂时统领内藤氏。松永长赖后来改名为内藤宗胜，以内藤氏嫡流的官途“备前守”自称，成为丹波国的实质统治者，被国人们称为是“丹州太守”。另外，从内藤氏家督继承事件来看，当时的三好长庆仍然不能够建立起三好氏的专制政权，名义上仍旧需要由丹波国守护家格的细川氏纲介入守护代内藤氏的家事。

不过，自此以后三好家便逐渐走向了自立，在拥戴细川氏纲为主时，细川家领国内的守护代分别为摄津国守护代三好长庆、和泉国守护代松浦肥前守、丹波国守护代内藤国贞，以及畠山家河内国守护代游佐长教。可是到了天文末年，除了三好长庆以外的三人均已去世，其中内藤家的实权被三好长庆的家臣松永长赖掌握，而松浦家则迎接了十河一存之子为嗣，让十河一存出任后见人，曾经与三好家并驾齐驱的内藤家、松浦家逐渐被三好家给臣属化了。

攻略播磨国

天文二十三年（1554年）八月十九日，摄津国有马郡的国人有马村秀出兵播磨国，三好家的家臣三好长逸则应邀率军出阵作为后援。

三好家此次出兵播磨国的理由为支援播磨国守护赤松晴政。赤松家本是可以出任侍所所司的“四职”家格，拥有播磨国、美作国、备前国守护职，虽然赤松家在嘉吉之乱后一度没落，但是经过赤松一族的努力，于战国时代又重新复兴了家业。然而，足利义藤在天文二十一年（1552年）时为了拉拢西国的霸主尼子晴久，无故没收了赤松家的美作国、备前国守护职，将其赐予尼子家。随着赤松家失去统率美作国、备前国的大义名分，备前国守护代浦上氏、播磨国的别所氏、明石氏纷纷起兵作乱。赤松晴政无力平定内乱，只得向同族有马氏请求援军。

九月一日，三好长逸对别所氏发起攻击，数日内接连夺下别所氏麾下的七座城池，于十二日返回摄津国，向三好长庆报告了播磨国的动向。三好长庆了解了播磨国的局势以后，于十月十二日在弟弟安宅冬康的淡路洲本城召集了兄弟们开会，最终决定出兵播磨国支援赤松晴政。

十一月二日，三好实休作为四国方面的总大将出阵，派遣前锋筱原长房、安宅冬康率军渡海抵达播磨国的明石。三好军的到来给了明石氏与别所氏极大的心理压力，虽然三好军还未发起攻击，但播磨国已经处于高度紧张的状态。

次年正月十日，三好实休率领本阵大军抵达明石，三好长庆也于十三日率军抵达播磨国太山寺，得知三好家大军来袭，明石氏非常识趣地表示投诚。别所氏的家督别所村治虽在三木城笼城，但是自认寡不敌众的他最终还是选择了与赤松晴政议和。三好家强大的军事实力兵不血刃地征服了东播磨国的国人，在日后三好家的许多合战中，都能看到明石氏、别所氏等播磨国人的身影。

当时的日本各地，战国大名们都积极地利用足利家出身的人来为自己争取大义名分，例如关东的北条氏康就拥戴足利义氏出任古河公方，而长尾景虎（上杉谦信）、里见义尧则拥戴足利义氏的哥哥足利藤氏为主，与北条家对抗。包括后来织田信长的上洛作战，也是打着拥戴足利义昭为主的名义进行，甚至在信长放逐了足利义昭以后，还表示会继续拥戴义昭之子为主。三好长庆也摆脱不了室町大名的观念，他曾在天文二十二年（1553年）时请求堺公方足利义维上洛，想要拥戴其为新任幕府将军，然而足利义维却担心自己会像细川持隆一样被三好家杀死，拒绝了提议。

随着曾经叱咤畿内的细川家、赤松家、畠山家都成过往云烟，足利义藤也一改之前的强硬态度，于天文二十三年（1554年）二月改名足利义辉，尝试改变策略与三好家和睦，没有再做出过多的敌对举动，三好长庆在这样的环境下最终做出了一个前无古人的创举——既不拥戴堺公方足利义维，也不拥戴被放逐的足利义辉，而是在与六角家、畠山家、赤松家、细川家和睦的基础上，建立起一个没有足利将军的支配京畿的政权。也正是因此，三好长庆才会被后人称为是日本战国时代的第一个非足利氏出身的“天下人”。

三好家的裁许状

天文二十二年（1553年）六月，因为争夺水资源问题，山城国西冈地区的今里村与稙野村发生了冲突，最终在细川氏纲的奉行人茨木长吉的调解下结束争端。然而到了次年夏季，今里村与稙野村再度因为用水问题争斗，三好长庆便命细川氏纲的奉行人多罗尾纲知按照前一年的仲裁处置。

令人意想不到的是，今里村与稙野村却拒绝接受细川家的调解，而是找到了芥川山城，请求三好长庆亲自仲裁。三好长庆随后命令家臣藤冈直纲、高柳治部丞、和久房次进行调查，随后下发了一份三好家的裁许状，处理此次纠纷。

为何今里村与稙野村要求直接让三好长庆仲裁纠纷呢？其实在前一年的十月，奉公众石谷光政曾与公家叶室赖房因领地问题发生纠纷，当时石谷光政持有幕府奉行人下发的裁许状，而在三好家介入以后，三好长庆直接宣布幕府的裁许状作废，以三好家的处置为优先，导致幕府裁许状的公信力从此大打折扣。

从这两件事可以看出，当时传统的幕府、细川京兆家的裁许状在畿内已经难以施行，大家更认可三好长庆的实力。而从三好长庆下发的裁许状来看，他的行文里并没有以尊奉细川氏纲之意等等大义名分的字眼，而是完全从三好家自身的角度出发进行调查，最终下发裁许状。也就是说，三好家靠实力已经成为京畿住民广泛认可的政权了。

另外，因为三好长庆担心京都里幕府直臣、公家的势力过大，他并不像细川高国、细川晴元那样驻留京都，而是选择居住在芥川山城之中。由于三好家的裁许状日益吃香，许多武士豪族、寺社的使者便不再像昔日那样前往京都觐见幕府将军与管领，而是来到芥川山城请求三好长庆的裁许状。

不仅如此，京都内朝廷的动向也开始转向了三好家。当时朝廷内争夺关白之职的为藤原北家的近卫家与九条家，然而因为九条稙通将养女嫁予三好长庆的弟弟十河一存的缘故，九条家与三好家建立起了非常良好的关系。由于幕府将军足利义辉长年流落在外，足利将军家与朝廷的关系越来越远，公家们需要三好长庆保障自己的领地与利益，便纷纷开始巴结三好家，例如关白近卫晴嗣元服时曾从幕府将军足利义晴处拜领了“晴”字，到天文二十四年（1555年）时，他便将名字改为“近卫前嗣”，以脱离足利家的影响。

正是从这时候开始，曾经位于武家顶点的室町幕府开始动摇，足利氏不再像室町时代那样高高在上，逐渐走下了神坛。日后新继位的正亲町天皇与足利家的联系则更为薄弱，朝廷也产生了扶持三好家取代足利家的意愿。